L'amministratore delegato di Pfizer, Jeffrey Kindler, ha annunciate le prime decisioni circa l'organizzazione della futura azienda che nascerà dal merger con Wyeth. Vi saranno due grandi team di ricerca, distinti ma complementari. Il primo, denominato "The PharmaTherapeutics Research Group" specializzato nelle piccole molecole,  sarà guidato da Martin Mackay, attualmente a capo di tutta la ricerca Pfizer. La seconda organizzazione di ricerca, che prenderà il nome di "The BioTherapeutics Research Group" sarà guidata da Mikael Dolsten, attuale presidente della ricerca Wyeth. Questo secondo tema sarà concentrato nella ricerca su nuovi vaccini, anticormi monoclonali, proteine, peptide, acidi nucleici e alter nuove modalità di cura che prevedono l'impiego di sostanze di origine biologica.

In totale, entreranno a far parte della nuova azienda 8 manager di alto livello, attualmente a capo di importanti settori di Wyeth.  Tra di essi vi sarà Emilio Emini, un manager di grande esperienza proveniente da Merck e adesso a capo di tutto il settore dei vaccini di Wyeth con la responsabilità di oltre 600 ricercatori. Emini continuerà a guidare l'area vaccini anche nella nuova Pfizer. Entrerà a far parte della nella nuova organizzazione con al responsabilità della ricerca nelle neuroscienze anche Menelas Pangalos, adesso a capo della discovery di Wyeth.

Nella nuova Pfizer vi saranno 9 grandi aree di business tra le quali primary care, farmaci specialistici, vaccini,  prodotti maturi e farmaci per i mercati emergenti.
Il budget della ricerca e sviluppo della nuova azienda sarà inizialmente di 12 miliardi di dollari e verrà poi progressivamente ridotto alla luce delle sinergie tra le due organizzazioni. La spesa per la ricerca non sarà però inferiore ai 7,9 miliardi di dollari spesi da Pfizer.